对于子宫内膜异位症患者的IVF治疗效果仍存在争议。有研究表明子宫内膜异位症患者试管婴儿治疗时对促性腺激素的卵巢反应较低。卵巢反应降低的其中一个原因可能是之前接受过卵巢切除术。研究者对之前接受过手术治疗的重度子宫内膜异位症女性进行了研究，发现这些患者与患有输卵管不孕症的对照组患者相比前者的治疗周期取消率显著较高。

与之相反，在另一个研究中发现，进行过子宫内膜异位囊肿内壁气化疗法并不会损害卵巢功能；子宫内膜异位症患者和输卵管不孕症患者对刺激所产生的卵巢反应之间不存在差异性。子宫内膜异位本身可能对卵巢功能产生不利影响，可能增加取卵的难度和和风险，但还不知道其对卵巢储量的不利影响程度。关于对IVF治疗前是否应该治疗子宫内膜一位囊肿仍然需要探讨研究。

研究证明从正患有子宫内膜异位囊肿的患者中所获取的成熟卵母细胞数量不少于那些之前发生过子宫内膜异位囊肿，但在IVF的抽吸卵母细胞时已无子宫内膜异位囊肿患者的取卵数。除此之外，这些研究还发现从患有单侧子宫内膜异位囊肿患者的受影响卵巢和未受影响卵巢中所获取的成熟卵母细胞数量相似。研究者发现所获得卵母细胞数量与子宫内膜囊肿体积无关，在单侧子宫内膜异位囊肿的病例中，58.8%的所获卵母细胞来自于受影响卵巢侧面。

前面提到的研究都表明卵巢子宫内膜异位囊肿的存在不会对卵母细胞受精力、胚胎质量、着床或妊娠结果产生不良影响。其中研究者观察在单精子注射的治疗过程中，未经子宫内膜手术治疗的患者对卵巢刺激的反应优于之前进行过子宫内膜手术治疗的患者反应。虽然这些研究发现未经手术患者组和经手术患者组的妊娠率相似，但未经手术患者组的所获卵母细胞数量和所获胚胎数量结果多于经手术患者组的上述结果。